28 июля 1939 года Верховный Совет БССР принял закон “Об организации Народного комиссариата автомобильного транспорта БССР”. Именно с этого момента началось становление автотранспорта общего пользования республики, оформление его в самостоятельную отрасль.
26 марта 1946 года Народный комиссариат автомобильного транспорта БССР в соответствии с указом Президиума Верховного Совета БССР преобразован в Министерство автомобильного транспорта БССР. С этого времени по 1988 год в управлении автотранспортом общего пользования происходили структурные преобразования.
16 июня 1988 года согласно указу Президиума Верховного Совета БССР “Об изменениях в системе органов государственного управления Белорусской ССР” Министерство автомобильного транспорта БССР упразднено и Образовано Министерство транспорта БССР, объединив автомобильный и речной транспорт.
5 февраля 1993 года Верховный Совет Республики Беларусь принял постановление “Об образовании Министерства транспорта и коммуникаций Республики Беларусь”.
22 июля 1993 года Совет Министров Республики Беларусь принял постановление № 491, согласно которому в состав образованного Министерства транспорта и коммуникаций РБ вошли Белорусская железная дорога и Белорусское управление гражданской авиации. В составе Министерства были образованы 3 департамента: автомобильного транспорта, гражданской авиации, железнодорожного транспорта.
Указами Президента Республики Беларусь от 4 апреля 1995 года № 126 и от 17 апреля 1996 года № 150 Департамент гражданской авиации и Белорусская железная дорога были выведены из ведения Министерства транспорта и коммуникаций Республики Беларусь.
6 июня 1996 года постановлением Кабинета Министров Республики Беларусь № 368 при Министерстве транспорта и коммуникаций Республики Беларусь создан Комитет по автомобильным дорогам.
Указом Президента Республики Беларусь от 24 сентября 2001 года № 516 Комитет по автомобильным дорогам ликвидирован и создан Департамент "Белавтодор" с правами юридического лица, а также на Министерство транспорта и коммуникаций возложено проведение единой дорожно-транспортной политики, независимо от вида транспорта.
Указом Президента Республики Беларусь от 5 мая 2006 года № 289 к Министерству транспорта и коммуникаций присоединен Государственный комитет по авиации и создан соответствующий Департамент по авиации, а также подчинена Белорусская железная дорога.